Học giả tôn giáo Stephen Prothero cho rằng chủ nghĩa phi hệ phái che đậy các vấn đề thần học và linh đạo – vốn đã chia tách Cơ Đốc giáo thành các hệ phái – đằng sau một cái vỏ bọc "hiệp nhất Cơ Đốc giáo". Ông coi rằng phong trào phi hệ phái khuyến khích một thế hệ của Cơ Đốc giáo – và thực ra là mọi tôn giáo – thành "đạo lý chung chung" dễ chịu thay vì quan tâm đối mặt với sự phức tạp trong văn hóa và tâm linh của các tín đồ. Prothero còn cho rằng nó cũng vận động cho sự thiếu hiểu biết về Kinh sách, dẫn tới sự giảm bớt khả năng lĩnh hội tôn giáo, gia tăng nguy cơ hiểu lầm và xung đột liên tôn giáo.[8]

Linh mục Anh giáo duy truyền thống Jonathan A. Mitchican cũng cho rằng thuật từ phi hệ phái thực chất gây sai lệch: "Nếu một nhà thờ ở Hoa Kỳ tự gọi mình là 'phi hệ phái' thì chín trong số mười lần, điều họ muốn nói là Baptist". Lời kêu gọi hoán cải cá nhân từ bàn thờ thay thế cho các bí tích trong vai trò là phương tiện của ân sủng. [Theo đó], phép báp-têm là biểu trưng cho sự hoán cải của một người, không còn là gì hơn nữa, và chỉ thích hợp cho người trưởng thành."[9]